Предоставление пояснений о расхождениях по восстановлению НДС с авансов по требованию налоговой

Коллеги, добрый день! Прошу Вашей помощи с таким вопросом. ООО на ОСНО, получили сегодня требование из налоговой с таким содержанием: 

"В ходе камеральной проверки на основе Декларации по НДС за 2 квартал 2017г. были выявлены несоответствия/расхождения: 
При анализе налоговых деклараций по НДС 2015 - 1,2 кварталы 2017г. установлена разница между суммой, заявленной к вычету по выданным авансам, и восстановленной суммой с выданных авансов (нарастающим итогом с 2015г. по 1,2 кварталы 2017г.) Просим представить пояснение по данному расхождению с приложением первичных док-тов, где отражен переходящий остаток выданных авансовых платежей, а также ОСВ по сч.19,68,76ВА (периоды для ОСВ не указаны)."

Проверила восстановление НДС с выданных авансов поставщикам начиная с 2015г. и вплоть до 30.06.2017: из суммы расхождений почти всё - это принятые к вычету авансовые счета-фактуры от поставщиков, которым мы платили авансы во 2 кварталы 2017,а отгрузка была в 3 квартале уже, с этим всё понятно, в пояснении укажу. Но одна сумма, НДС в размере 5000 руб, висит с 4 квартала 2015г - и не восстановлена она в 4 квартале 2015 года действительно ошибочно 🤦‍♀️
Я правильно понимаю, что вместе с пояснениями о правильных расхождениях сейчас надо доплатить налог (эти 5000 руб) и пени по нему, а после этого подать уточненку за 4 квартал 2015г? Настораживает то, что по ст.89 НК РФ: 

В случае представления налогоплательщиком уточненной налоговой декларации в рамках соответствующей выездной налоговой проверки проверяется период, за который представлена уточненная налоговая декларация

Подскажите, пжлст, по опыту - нам действительно стоит ждать выездной проверки после подачи уточненки на такую незначительную сумму (фирма только открыта в апреле 2015), или всё же просто отделаемся корректировкой и доплатой налога с пенями (налоги всегда платим исправно, доля вычетов по НДС с каждым кварталом у нас понемногу уменьшается, на все требования всегда отвечаем своевременно)? заранее благодарю за ответы!